A WinBox maga a MikroTik weboldalán a szoftver szekcióban található meg és tölthető le 32-bit-es, valamint 64-bit-es verzióban. Az winbox.exe megnyitása után rögtön a kezdőképernyővel (azon belül is a simple verziójával) találjuk szembe magunkat.
A Managed ablakban rögzíthető és tárolható el mindazon routerek sora, amelyben már dolgoztunk. Ezen adatok között megtalálható a MAC cím, IP cím, Identity, verziószám, és az eszköz típusa. Fontos szem előtt tartani, hogy míg IPV4-esetén nincs gond addig IPV6 címnél magát a címet szükséges szögletes zárójelek [] közé tenni mivel a szeparátorként használt kettőspont megegyezik az IPV4 esetén használható portválasztással pl: [0:a00:27ff:fe70::e88c]:8299. Akár arra is lehetőség van, hogy a jelszavakat is elmentsük, ezt a keep password checkbox kiválasztásával lehet megtenni. Azonban nem elhanyagolható infó, hogy alapértelmezetten ezeket a szenzitív adatokat titkosítatlanul tárolja a háttérben található mappastruktúrában (..\Users\"username"\AppData\Roaming\Mikrotik\Winbox)
A WinBox mappába az első indítás után rögtön megtalálhatunk már néhány elemet. A Sessions könyvtárat melyről később lesz még szó, valamint az Addresses.cdb file-t melyben a fent említett titkosítatlan adatokat találjuk meg. Természetesen van mód arra, hogy ezeket az érzékeny információkat ne kínáljuk tálcán. A Set Master Password lehetőséggel egy jelszó beállítása után már titkosítva és biztonságban tudhatjuk őket.
Amikor egy routerhez csatlakozunk a háttérben egy pillanatra látható, hogy bejelentkezést követően különböző plugin-ok kerülnek letöltésre. Ezeket a már fent említett mappában adott verzió, és built számon találjuk. Ezek is hozzájárulhatnak ahhoz, hogy idővel a WinBox által használt lemezterület több 100 megárva vagy akár néhány GB-ra növekedjen.
A Sessions mappa tartalmát az első bejelentkezéstől kezdve nyomonkövethetjük ez tárolja a host csatlakozásról szóló infót, a felhasználónevet, illetve, hogy milyen porton keresztül került létrehozásra. Ezeken az alapadatokon felül az összes a szoftverben elvégzett egyedi beállítást rögzíti, a rendszer. Példaként felhozva, ha az interface-s fülön egy eddig rejtett oszlopot láthatóvá teszünk, illetve a sorrendjét megváltoztatjuk és előre hozzuk akkor ezeket a változtatásokat adott session letárolja és ha azonos paraméterekkel újra belépünk megtalálhatjuk őket változatlan formában. Ha szeretnénk azt, hogy mindig a megszokott elrendezés fogadjon minket a WinBox-ban függetlenül attól, hogy honnan indítjuk el akkor érdemes a belépés előtt a tools menüpontban az advanced módra kattintani mivel több egyéb funkció mellett lehetőség van korábbi sessionok kiválasztására, illetve akár tallózására is hálózatról vagy külső meghajtóról.
WinBox frissítését többféleképpen is megoldhatjuk, akár manuálisan letöltve majd telepítve, vagy amennyiben rendelkezik interneteléréssel a tools menüben a check for updates gombra kattintva. Itt az adott verziókon felül a changelog-ot is olvashatjuk.
Windows-os platformokon kívül (MacOS valamint Linux) is használható a WinBox különböző virtualizációs megoldásokkal. MacOS-en kifejezetten a Wine developer változatát javasolja a gyártó. A Homebrew nevű csomagkezelő rendszer segítségével egyszerűen és hatékonyan lehet telepíteni többek között a fent említett szoftvert is.
Egyedüli limitáció, amelyet tapasztaltunk, hogy drag & drop módszerrel a WinBoxból nem lehetséges file mozgatás az adott számítógépre. Viszont visszafelé gond nélkül működik.
Linux disztribúciók esetén a gyártó azt javasolja, hogy mindenképp a 64-bit-es csomag kerüljön telepítésre.